設計引物時需要避免引物之間形成_堿基互補配對。而造成引物自連。
相同末端或相同黏性末端或相同平末端。末端特指雙鏈DNA分子的端位堿基,是專用名詞,不可以用在單鏈引物上。且引物之間的堿基互補配對不一定是所有堿基都能夠互補配對,少量配對也會使兩種引物結合在一起,從而不能獲得特異性DNA產物。