對高危人群結合臨床表現和X線檢查可考慮診斷，病原學檢查可以確診，痰找病原體陽性率極低，可用3%高滲鹽水霧化后誘導咳痰。支氣管肺泡灌洗（BAL）和經纖維支氣管鏡肺活檢陽性率可達80%～100%。BAL可以與解剖檢查同期發現肺孢子菌，可用于早期診斷。近年主張以胸腔鏡活檢取代剖胸活檢。
