對可疑病例使用軟管喉鏡有助于確診，清醒狀態軟管喉鏡檢查可見典型的病理表現。依據發病時間、典型的病史和癥狀、吸氣期喉喘鳴和三凹征，對需要明確分型或重癥者需行軟管喉鏡檢查。
常規影像學檢查價值較小，準備手術干預時需對上氣道行全面的內鏡評估，排除可能同時存在的其他畸形。軟管喉鏡檢查是診斷喉軟化癥的必須檢查項目，有助于阻塞程度、部位及分型的判斷。操作要求無麻狀態，直立位，細的小兒軟管喉鏡經鼻腔插入評估聲帶運動狀態。觀察吸氣期聲門上塌陷狀態，杓會厭襞是否短小，楔狀軟骨和小角軟骨吸氣期向喉內塌陷程度。依據軟管喉鏡檢查結果可以對其進行分型，診斷為重度喉軟化癥，是外科治療決策的重要參考指征。
在診斷過程中，還應關注是否伴有咽部軟化存在的可能。對聲門上成形術治療喉軟化癥效果不良時，也應考慮到是否存在咽部軟化的可能。