誘導多能干細胞可以自我更新并可分化成各種類型的體細胞，不僅能誘導成各種細胞替代治療，而且能形成各種組織或器官。雖然目前僅能移植組織，器官的移植離臨床還較遠，但在現有的研究基礎上能做到如角膜移植、皮膚移植等等已經很了不起了。
要想利用iPS細胞培育出真正具有與真實器官同樣結構、體積及功能的人造器官還有很多工作等待探索，這期間挑戰重重。血管化、體積大小等可能是比較好解決的技術問題，真正的瓶頸在于體內功能和移植方法。
器官功能的研究難點包括了空間維度和時間維度等多個層面。例如，從平面的2D到立體的3D，空間復雜性增強了；再如，當研究人員突破了類器官的范疇，培養出接近真實體積的器官時，系統增大或將導致一些反饋相對變慢，時間復雜性也增強了。此外，動物模型選取和相關藥物的篩選也是需要解決的問題。
對于iPS細胞，科技日報有相關研究人員評論說：“目前全球有很多研究人員正在該領域里攻堅克難。但科學是具備任何可能的，也許再過5—10年，利用iPS細胞培育的器官能夠一定規模地應用到臨床中。”