由于iPS細胞自身的安全性問題，到2012為止，iPS細胞還無法應用于臨床治療，要得到安全實用的有臨床應用價值的治療型iPS細胞，必須避免使用整合性病毒以及有致癌性的外源基因。根據iPS細胞在短時間內取得的一系列突破，可以預見，iPS細胞必將解決人類面臨的各種疾患。但是還面臨許多急待突破瓶頸和需要深入研究的領域：
（1）研究iPS細胞自我復制、增殖和分化等的調控機制及iPS細胞體外定向誘導分化機制；
（2）充分評價iPS細胞臨床應用的安全性；
（3）建立無遺傳修飾的iPS細胞制備方法（ 如僅利用蛋白或小分子化合物即將人的細胞重編程為iPS細胞）。
用iPS細胞復活“日本朱鹮”
首先，利用病毒媒介將可以初始化細胞的四個基因，分別導入在冷凍箱中保存的日本朱鹮的成纖維細胞中，培育出iPS細胞。再將iPS細胞移植到人工繁殖得到的日本外的朱鹮的胚胎（反復分裂的受精卵）中。這樣，由日本朱鹮的iPS細胞，與日本外朱鹮的受精卵混雜在一起，就產生了一個新個體（雜交朱鹮）。使雜交朱鹮之間相互交配，就可以使日本朱鹮的iPS細胞產生生殖細胞相互交配并產生個體，也就可以使日本朱鹮復活了。