1、往復泵的流量不均勻。這一特性對泵的吸排工作性能有不利影響，即：吸、排管路中液流速度不穩定而產生慣性阻力損失，使吸人阻力增大而容易引起汽蝕，并且使排出壓力波動。常采用多作用泵和空氣室來改善往復泵的供液不均勻性。
2、往復泵設有泵閥，在吸、排過程中泵閥的啟閥阻力和流阻損失，會使泵缸內的吸人壓力進一步降低而容易引起汽蝕，同時也會使排出壓力升高。
3、轉速不宜太高。電動往復泵轉速大多限定在200—300r/min以下，一般最高不超過500r/min。提高往復泵轉速雖然可以增加泵的流量，但會使活塞不等速運動的加速度和慣性力增加，使泵容易汽蝕且排出壓力波動加劇；此外，泵閥也是限制轉速的一個重要因素，轉速過高會使泵閥啟閉遲滯和撞擊加劇，泵閥阻力也會增加等。若吸人閥阻力損失過大，甚至造成不能正常吸人。
4、被輸送液體含固體雜質時，泵閥和活塞環容易磨損，或可能將閥盤墊起造成漏泄。必要時需設吸人濾器。
5、往復泵的結構較復雜，泵內需裝設吸、排閥、因而易損件(如吸排閥、活塞環、活塞桿填料箱等)較多，維修量大。