1.吸入性呼吸道感染
食管反流物被呼入氣道時可引起支氣管和肺部感染，尤其在熟睡時更易發生。約1/3患者可出現夜間陣發性嗆咳或反復呼吸道感染。
2.食管本身的并發癥
本病可繼發食管炎、食管黏膜糜爛、潰瘍和出血、壓出型憩室、食管-氣管瘺、自發性食管破裂和食管癌等。
3.賁門失弛緩癥可以并發食管癌或賁門癌
發生率為0.3%～15%。原因可能為食管黏膜長期受到潴留物刺激，發生潰瘍，黏膜上皮增生惡變等。
