諾卡菌侵犯皮膚和內臟，發生局部和全身感染，引起多種臨床表現。
1、肺奴卡菌病約75%的病例侵犯肺部，呈急性或亞急性起病。表現為小葉性或大葉性肺炎，以后趨向于慢性病程，可類似肺結核病表現。咳嗽，開始為干咳，無痰，繼而產生黏膿性痰，也可在痰中帶血；若有空洞形成，可有大量咯血。常伴有發熱、盜汗、胸痛、消瘦、全身不適，體溫在38～40℃之間。累及胸膜可發生胸膜增厚、胸腔積液或膿胸，竇道可以穿透胸壁，也可以伸展到整個腹腔內臟，繼而引起血源播散。胸部X線表現多種多樣，無特異性。如肺段或肺葉浸潤性病變，厚壁空洞，壞死性肺炎，大葉性肺炎，單發或多發性肺膿腫，孤立性或多發性結節，胸腔積液，支氣管胸膜瘺等，亦可表現為肺內粟粒性陰影，但較為少見。
2、腦奴卡菌病約1/3病例有中樞神經系統受侵犯，多由肺部病灶遷徙而來，少數亦可為原發性。侵犯腦膜引起腦膜炎，侵犯腦實質形成多發性膿腫，亦可以相互融合成大的膿腫。出現腦膜刺激癥狀或腦占位性病變，可有頭痛、頭暈、惡心、嘔吐、不規則發熱、乏力、抽搐、麻木、偏癱、頸項強直、視力障礙、神志不清、視盤水腫、淤血、外周血白細胞增高等表現。
3、播散性奴卡菌病常由肺部病變開始血行播散到全身。腎臟是繼腦以后較常見受累的部位，同時可發生心內膜炎、心肌炎和心包炎。肝、脾、腎上腺、胃腸、淋巴結以及肋骨、股骨、椎骨、骨盆和關節亦可受累。而胰腺、甲狀腺、眼、耳、脊髓、垂體、膀胱受累較為少見。
4、皮膚奴卡菌病常由植物損傷皮膚后引起病原菌侵入而發病，亦可由肺部病變擴展而來。可呈鏈狀排列的皮下結節群出現于臂部，表現為孢子絲菌病樣奴卡菌病，也可表現為膿腫及慢性瘺管或疣狀損害類似皮膚結核，有的病人可發生廣泛的水皰性皮疹，有的病人可發生壞疽性皮膚奴卡菌病，其表現開始為疼痛的皮下結節，表面皮膚潮紅，以后迅速擴展并潰破，潰瘍的邊緣不規則，并向內陷入，潰瘍表面有黏滯的黃白色膿液。