以豆蔻命名的中藥主要有白豆蔻、草豆蔻、紅豆蔻和肉豆蔻等。而這些豆蔻均含揮發油，具芳香之氣，功效較相近。但各藥之間還是有區別的，且藥用功效的偏重點也不同，而肉豆蔻和其它豆蔻的科屬更是不同。臨床使用時，要區分清楚。
草豆蔻：又稱之為草寇、草寇仁、草果。為姜科植物草豆蔻的成熟種子團。夏、秋果實成熟時采收，曬至8～9成干，剝去果皮，取出種子團，曬干。味辛，性溫，歸脾、胃經，功能燥濕行氣，溫胃止嘔。用量：煎湯，3~6克。因富含揮發油，臨用時搗碎，入湯劑宜后下。
白豆蔻：又稱之為白蔻，殼蔻、豆蔻。為姜科植物白豆蔻和爪哇白豆蔻的成熟果實，7～8月果實熟，剪下果穗，曬干或烤干。味辛，性溫，歸肺、脾、胃經。功能行氣化濕，溫中止嘔，開胃消食。偏重于開胃消食。用量：煎湯，3～6克。因含揮發油，故不宜久煎。煎藥時將白豆蔻打碎或研碎，浸泡30分鐘，后下，煎沸約10分鐘即可，或研成細末吞服。其果殼水煎劑可抑制志賀菌、痢疾桿菌等，對細菌性腹瀉有一定療效，可供藥用。
肉豆蔻：別名豆蔻、肉果、玉果，為肉豆蔻科植物肉豆蔻的種仁。將其種仁在45℃低溫慢慢烤干，去油（主要降低有毒性的肉豆蔻醚、黃樟醚），當種仁搖之作響時即可。味辛，性溫，歸脾、胃、大腸經。功能行氣化濕，溫中行氣，澀腸止瀉。用量：煎湯，3～10克。含揮發油，故不宜久煎。提倡研成細末沖服，每次1.5～3克，可避免因煎煮造成的揮發油量損耗。過量服用肉豆蔻，可引起嚴重的毒性反應，應引起注意。生品作用相反，有瀉下的作用。
紅豆蔻：別名紅豆、紅蔻、紅扣、良姜子，為姜科植物大高良姜的果實。于每年11～12月果實剛成熟時采收，將果穗割下后放置陰涼處通風4～7日，等果實成深紅色時脫粒，去掉枝干，曬干。味辛，性溫，歸脾、肺經。功能溫中散寒，行氣止痛，醒脾消食，解酒毒。多用于溫中散寒或解酒毒。用量：煎湯，3～6克。