1)抗菌藥物應用原則
敗血癥診斷一旦成立，在未獲得病原學結果之前，應盡快給予經驗性抗菌藥物治療，以后再根據病原菌種類和藥敏試驗結果調整給藥方案。敗血癥的抗菌藥物治療可根據病情選用單藥或兩種有協同作用的抗菌藥物聯合應用，為了保證適當的血漿和組織的藥物濃度，原則上應選用殺菌劑，靜脈給藥，劑量要足，療程要長，一般在體溫恢復正常、臨床癥狀消失后，再繼續用藥7～10日，真菌性敗血癥則繼續用藥至少14日。合并感染性心內膜炎者療程應為4～6周。如有遷徙性病灶或膿腫，則除穿刺、切開引流外，療程須適當延長。
2)抗菌藥物的選擇
①葡萄球菌敗血癥：因金葡球菌能產生β-內酰胺酶的菌株已達90%左右，故青霉素G對其療效很差。而第一、二代頭孢菌素不同程度地抑制了β-內酰胺酶的作用，對其敏感的菌株可達90%，故現常選用頭孢唑林、頭孢氨芐、頭孢呋辛或頭孢克洛等，也可選擇氟喹諾酮類進行治療，還可聯合應用阿米卡星、慶大霉素。對耐甲氧西林的金葡菌一般首選萬古霉素，另外可選擇的藥物包括利奈唑胺、達托霉素和替加環素。②革蘭陰性桿菌敗血癥：第三代頭孢菌素對此類菌有強抗菌活性，敏感率一般大于90%，第二代頭孢菌素對大腸桿菌及肺炎桿菌也有抗菌活性。故對此類敗血癥可從第二、三代頭孢菌素中選用一種，可與慶大霉素或阿米卡星聯合。綠膿桿菌敗血癥時選擇哌拉西林/他唑巴坦、頭孢哌酮/舒巴坦、頭孢他啶，頭孢吡肟或碳青霉烯類較好。或將上藥與氨基糖甙類抗生素伍用，療效也好。左氧氟沙星、環丙沙星等喹諾酮類藥物對包括綠膿桿菌在內的G-桿菌均有較強的抗菌活性，且受外界影響小，與其他類抗菌藥物未見交叉耐藥性，副作用輕，臨床上也常被選用。③厭氧菌敗血癥：常呈復數菌混合感染，選藥時應兼顧兼性厭氧菌或需氧菌。抗菌藥物可選用甲硝唑、替硝唑、氯霉素、克林霉素、頭孢西丁或亞胺培南。④真菌敗血癥：念珠菌血癥首選卡泊芬凈或米卡芬凈，其次可選用氟康唑、兩性霉素B及其脂質制劑、伊曲康唑注射液、伏立康唑、氟胞嘧啶等藥物治療，氟胞嘧啶不宜單獨使用，嚴重者可聯合用藥。當真菌與細菌感染同時存在時，選藥需兼顧。