溶液Ⅱ主要成分為氫氧化鈉(NaOH)和SDS。DNA在pH5～9的溶液中是穩定的，但當pH＞12或pH＜3時，就會引起DNA雙鏈之間氫鍵的解離而變性。溶液Ⅱ中NaOH濃度為0.2mob/L，加入溶液Ⅱ后，該系統的pH為12.0～12.6，因而促使染色體DNA與質粒的變性解離成單鏈。SDS是一種陰離子去垢劑，它的主要作用有：①溶解細胞膜上的脂肪與蛋白，因而溶解膜蛋白而破壞細胞膜；②解聚細胞中的核蛋白，使蛋白質與DNA分開；③SDS能與蛋白質結合成為SDS-蛋白質復合物，使蛋白質變性而沉淀；④SDS能抑制核酸酶的作用，防止對DNA的降解。
(3)溶液Ⅲ的主要成分為KAc(pH4.2)。用pH4.2的KAc溶液是為了調整溶液pH至中性，使變性的質粒DNA能夠復性，并能穩定存在。而高鹽的3mol/L醋酸鉀(KAc)有利于變性的大分子染色體DNA、RNA以及SDS-蛋白質復合物凝聚而沉淀。