用以上公式算出的離心時間和實際離心結果非常接近。從公式可以看出T反比子（N4、r2），顯然在CsCl不結晶析出的前提下提高（N4、r2）將會減少離心時間,而增加轉速的效果特別明顯。但是對于某些較低轉速轉頭（如 65,000rpm以下）CsCl自形成梯度所需時間過長（10小時）以上，因此質粒DNA純樣品區帶形成的時間也比較長.
作為對全管初始等密度條件的改進，近幾年發展了階梯形不連續CsCl梯度的平衡等密度離心，即離心管初始梯度分二部分：
下部：高密度區（ρ=1.80-1.81g/cm3），占總容量1/3。
上部：低密度區（ρ=1.46-1.48g/cm3），占總容量2/3，實驗證明，二階不連續CsCl梯度可比全管等密度離心所需時間要短得多（以12ml垂直管轉頭為例，質粒DNA，CsCl梯度55,000rpm，20℃；不連續二階梯度離心為5.5 小時,全管等密度離心為8小時）。
二階不連續梯度離心，樣品加在靠離心管底部的高密度區，無論對何種轉頭，其r很大；而且只存在樣品的上浮而不存在低密度區（低離心加速度區）樣品的沉降；在接近DNA浮動
密度區初始密度差較大,自形成梯度，時間較短；由于以上原因縮短了離心時間。（4）超高速多級（轉速）分離：很明顯，根據T公式提高轉速將會加速CsCl梯度的形成，離心時間也會相應縮短。但是，在某溫度下的高轉速，長時間離心分離對于較高密度的CsCl來說很可能產生局部結晶析出，而局部結品析出不僅會影響梯度，而且會因析出的固態CsCl因損傷離心管壁而造成離心失敗或事故.為此,對于質粒DNA離心分離實驗，由于新型超速機的可編程序運轉的特點。可以從極高轉速逐漸向稍低轉速推移，每次實驗分成很多轉速擋，既提高了效率，又保證了實驗成功和安全。
當然，這類實驗是要經過多次摸索，才能形成常用的離心程序，美國Beckman公司和日本Hitachi koki株式會社都在各自的先進的超速機上做了大量實驗，并向用戶推薦可靠、高效的離心理序[2、3]。
三、典型的質粒DXA超速離心分離舉例
1.傳統分離舉例：
例（1）單管容量為12ml，最高轉速在50,000rpm以下的角式轉頭，12PA密封管，各廠新型超速機。
樣品+TE液（配成pH8.0），EB加入量0.2mg/ml，加入CsCl配成全管ρ=1.57g/ml45,000rpm×36小時，20℃，慢減速或55,000rprn×16小時+40,000rpm×1小時，20度慢減速。
分離結果:管中部稍下形成純質粒DNA帶，中部稍上出現DNA片斷帶，近底部為RNA沉淀，上浮物為蛋白質。
特點：分離結果較好，但純樣品帶較寬，分離時間很長，用去近1億轉驅動部壽命。
例（2）單管容量為5ml，最高轉速為65,000rpm的鐵吊椅甩平轉頭，5PA管，樣品配置同例（1）
特點：同例（5） （用去0.2億轉驅動部壽命）。
36,000rpm×55小時,20℃,或32,000rpm×70小時,20℃。
·分離結果及特點：分離結果很理想，質粒DNA帶很窄，RNA沉降于離心管球底。但離心時間過長，成本較高（用去1.1億~1.3億轉驅動部壽命）。
2.垂直管轉頭離心分離：
例（3）日本日立cp100α主機，P100VT轉頭（700,000×g,8×5ml），5PA密封管，樣品及梯度配置同例(1)
100,000rpm×1小時50分,20℃,慢減速(7檔)。
·特點:離心結果與例(1)相似,由于轉速極高，壁部RNA沉淀很緊，在降速過程中對DNA污染很少。離心時間很短，高效，低成本(用去0.12億轉驅動部壽命)。
例(4)最高轉速為50,000rpm的鈦垂直管轉頭，容量8×40ml，40PA密封管，樣品配置如例（1） 50,000rpm×24小時，20℃，慢減速。
特點：大容量分離，RNA沉淀對DNA帶稍有污染。
3.近垂直管轉頭分離
例（5）Beckman1NVT90轉頭XL-90主機，8×5ml，5PA密封管，轉頭最高轉速90,000rpm，646,000×g。
樣品+TE液（配成pH8.0），E·B加入量為0.2mg/ml，Triton X-100加入量為0.01%，加入Cscl配成p=1.55g/ml。78,000rpm×4小時，20℃，慢減速。
特點：由于Triton X-100的作用，RNA沉淀加速滑向離心管底，轉頭減速過程中對DNA沒有污染，分離結果很理想（用去0.2億轉驅動部壽命）。
例（6）日本日立CS120EX或美Beckman
TLX微量超速機，最高轉速為120,000rpm的NVT（NT）轉頭，8×2ml，2PA密封管，樣品及梯度液配置基本同例（5），但CsCL配成p=1.55g/ml,120,000rpm×3小時，20℃，慢減速。
特點：同例（5）（用去0.2億轉驅動部壽命）
4.不連續階梯梯度分離：
例（7）日本日立SRP83VT轉頭，80,000rprm，549,000g，8×5時，5PA密封管（日立CPα，β系列機或SC夏系列機），梯度液配置：
先配置TE液+Cscl，ρ=1.47g/ml共3.5ml，先注入5PA密封管。
再配置TE液+樣品+CsCl配成ρ=1.81g/ml， E.B.0.2mg/ml，共1.5ml用注射器伸入管底緩緩注入使原先的p=1.47液上浮。
83,000rpm×1小時，20℃，慢加速，慢減速，結果同例(3)。
特點：由于使用了二階不連續梯度,CsCl自形成梯度時間縮短。超高轉速，RNA沉淀很緊，對DNA帶污染很小，高效，低成本（只用去0.05億轉驅動部壽命）。缺點是樣品加入量稍小。
例（8）日本日立RP55VF：轉頭，55,000rpm，293,000×g，12×5ml，樣品及梯度液配置同例（7） 55,000rpm×4.5小時，20度，慢加、減速。結果與例（7）相似。
5.超高速多級（轉速）分離：
例（9）：BeckmanXL-90超速機，NVT-90轉頭90,000rpm，645,000×g，8×5ml，5.1PA密封管，樣品及梯度液配置同例（5）。
多級分離：90,000rpm×l.5小時+87,000rpm×0.25小時+83,000rpm×0.25小時+81,000rpm×0.50小時+80,000rpm×0.50小時，20℃，慢減速。
（以上實驗亦可在日本日立CP100α或90α主機上做用P100VT轉頭，結果相同）。
特點：結果同例(5)，但時間降為3小時（0.16億轉）
例（10）Hitachi微量超速CS-120EX或CS-100EX微量超速機，S100AT5角式轉頭，100,000rpm，550,000×g，8×5ml，樣品及梯度液配置與例(3)基本同，但樣品+TE液配成ρ= 1.55g/ml
100,000rpm×4.5小時+98,000rpm×15分+96.000rpm×30分+94,000rpm×30分+90,000rpm×25分+85.000rpm×30分
（共7小時），20℃，慢減速。
特點：使用角式轉頭，微量超速機，在離心力較小的條件下（與大型超速機相比），離心時間較短，RNA沉向管底，分離結果很理想。
四、質粒DNA超速離心分離注意事項
1.防止污染
防止脫氫酶污染：脫氫酶能使DNA降解或變性，而它又無處不在（皮膚上，沒清洗并沒消毒的器具表面……），所以，在質粒DNA分離實驗的每一個環節都要注意這一點．有效的辦法是器具（離心管、蓋、注射器、移液器、盛器等等）的消毒（蒸氣消毒或0.1%焦碳酸二乙酯消毒）。雖然，我們可以加DFP（二異丙基確酸氟）或PMSF（苯甲基磷酸氟）來抑制脫氫酶的降解使用,但主要手段還是清洗和消毒。
為防止皮膚上核糖體污染，操作時應戴上手術用手套。
2.防止重金屬鹽中存在的重金屬離子和DNA結合成復合物：CsCl為電離介質，在離心前CsCl應過柱以消除Cs離子，對接觸樣品的器皿也要清洗，并用去離子水沖洗。
3.樣品的加載量 樣品加入量與樣品濃度有關，為了提高分辨率，樣品加入量應加以控制，合適的加入量應以前人實驗作參考。自行試驗時，每毫升梯度液樣品量約為10μg~20μg。
4.對于角式、垂直、近垂直轉頭的自形成梯度平衡等密度分離，可用0~100Orpm快加速及1,000rprn~0慢減速，階梯梯度則要求慢加速，慢減速，近代起這機都提供了很好的范例，供用戶選擇加、減速速率時參考。
5.轉頭在離心開始時溫度應和離心運轉時工作溫度基本一致（土5℃），轉頭預冷溫度過低（10℃以下）在極高轉速，短時間離心時，可能因來不及升溫而出現CsCl析出，使實驗失敗或發生事故。
6.合適的取樣方法：質粒DNA超速離心分離加樣較簡易，離心后取樣方法和操作水平將決定回收率和樣品純度。首先，取樣環境應和離心工作溫度相近（士5℃）；取樣時實驗臺上應無振動源；根據實驗室條件相應選擇橫向穿刺、底部空孔、離心管切割或用梯度儀收集。但無論哪一種方法部必須小心行事。
7.合適的pH值，核酸類佯品在實驗全過程中都應保持在pH8.0的TE液中，pH值過高過低也會使DNA變性。
8.離心管及加液量：由于近代質位DNA的超速離心分離使用了非常高的轉速，對離心管材質要求也很高，一般做這類實驗的離心管只用一次。最好是用密封管，而且一段以選擇PA管為好。離心管存放期不超過2~3年，使用密封管或有蓋薄壁管樣品要加滿。使用甩平轉頭液面距管口2~3毫米以防止彎月面溢液或管口翻卷。