定量與校正
當已知某種化合物時，如在臨床試驗中，收集了許多單個樣品的統計數據，并且已很好地表征了所給藥的藥物及其感興趣的代謝物，則不需要完整的質譜圖。但是，在復雜的生理混合物中則需要非常好的靈敏度，因此該儀器就要設置為僅監視特定的m/z值。
因為離子連續流過三重或串聯四極桿，所以沒有必要限制離子流進入質量分析器。與之相反，離子阱有明確的有限容積，因此，需要防止過多的離子進入離子阱。不限制離子強度，結果在質譜圖中會出現不想要的或意外的峰，這樣當試圖在GC/MS譜庫中搜尋EI譜時將非常麻煩。離子阱的設計已經發生很大的改變，允許外部電離（在質量過濾器外獲得離子，隨后離子注入離子阱），而不是內部電離（在質量過濾器電離）。設計的變更帶來了一個問題，在阱中會發生離子分子反應，但同時對離子流有一定限制。甚至在MRM模式下，這種總離子流的自動調節機制會引起對單個色譜峰的不規則采樣間隔。因此，最終，在復雜基質的痕量分析中，離子阱具有一定局限性，尤其當要求有極高的準確度和精確度時，在這種情況下，因為數據必須具有合理性，或必須符合定量分析的準確度和精確度的嚴格標準。
MS定量分析時，通常需要使用內標化合物。內標化合物用于控制樣品提取、LC進樣和電離等過程的誤差。如果沒有內標物，各種重復試驗中的RSD值將比有內標物的實驗高出10倍。最好的內標物是目標分子的同位素標記物。雖然合成這類分子非常昂貴，但是他會顯示其類似物的回收率，色譜保留時間和質譜電離響應等重要指標。下圖是使用GC/MS和CI的線性回歸線。用于評估系統的適用性，對樣本進行隨機化以及確定合適的曲線至關重要
校準
我們應該使用校正化合物調整質量校正比例和離子相對強度，與已知被測物相匹配。所有質譜儀上都需進行這一操作，因為電子、表面的清潔度和實驗室的周圍條件可能影響質譜儀的有效測量能力。對一些在低分辨質譜儀上進行的要求不高的分析來說，校正可以較少，但儀器響應高低的檢查要經常做。但是，要求高的準確度則要求對質量精度隨時監控。
對GC/MS，常用的校正化合物是FC-43，也稱為過氟三丁烷胺。其它的校正化合物混合物也被用于調整高分辨率質譜的校正比例。碘化銫鈉（NaCsI）和聚乙二醇混合物是LCMS的校正物。在LCMS兼容的溶劑中，NaCsI以穩定狀態流入或加入到質譜儀中，在一系列貫穿4000Da的范圍內產生一系列單同位素峰，可用于質量校正。含有可選擇的標準肽、蛋白質、基質和溶劑等，用于對MALDI質譜儀進行校正、調諧和靈敏度檢測的有效工具包已經商品化。SigmaAldrich?公司已經推出了這樣一種用于蛋白質和肽復雜混合物的分析（700到66000Da）的一套試劑盒。
質量鎖定
使用TOF和類似的高精度儀器進行最苛刻的測量時，需要始終保持警惕。僅溫度的微小變化就可以使報告的質量結果偏移百萬分之幾。根據所使用的電離類型，可以通過簡單地使用離子源中存在的已知污染物來實現恒定校準校正。或者，您可以定期對離子流進行采樣，以在整個分析過程中重新建立正確的校準。通過在色譜柱后和質譜儀入口之前注入，簡單地在流動的LC洗脫液中添加鎖定質量校準物，通常會導致不受控制的行為，例如離子抑制，質量干擾和溶劑效應。
TOF型質譜儀能實現較低ppm的質量精度，對于傅里葉變換離子回旋共振（FTICR）質譜儀，如果控制進入系統的離子數，則可達到更高的質量精度。通過質量鎖定對質量數實時校正可以去除用事先已建立的質量比例校正的質量誤差。信號較弱有時是另一易被忽略的原因，可通過對LC峰各采樣點進行平均計算來校正。
為獲得精確的質量數據而優化的雙電噴霧源非常適合蛋白質組學研究或低水平代謝物鑒定。該方法使用兩個獨立的ESI探頭，并使用可編程步進電機驅動的擺動擋板對校正的噴霧，或參比流進行采樣。以預定的時間間隔對參考噴霧進行采樣，以確保采集占空比有利于包含分析物的液體流。采樣擋板的位置得到實時監控，可為兩個進液口建立索引，并且參考數據和樣品數據分別存儲在單獨的文件中。該設計消除了分析物與參考通道之間的干擾。