GC-MS被廣泛應用于復雜組分的分離與鑒定，其具有GC的高分辨率和MS的高靈敏度，是生物樣品中藥物與代謝物定性定量的有效工具。
質譜儀的基本部件有：離子源、濾質器、檢測器三部分組成，它們被安放在真空總管道內。
接口：由GC出來的樣品通過接口進入到質譜儀，接口是色質聯用系統的關鍵。
