質量分析器的特點及聯用
每個質量分析器都有其優缺點。如扇形磁場質量分析器重現性好，能夠較快地進行掃描，但在目前出現的小型化質量分析器中，其所占的比重不大，因為如果降低磁場體積和重量將極大地影響磁場的強度，從而大大削弱其分析性能；四極桿質量分析器結構簡單，易加工，成本低，但是其分辨率不高，桿體易被污染，維護和裝調難度較大；離子阱質量分析器體積小，可在較高壓力下（如0.1Pa）工作，能方便地進行級聯質譜檢測，尤其在質譜儀器小型化研制中具有無可比擬的優勢；傅里葉變換離子回旋共振質量分析器具有更高的靈敏度和分辨率，但價格昂貴；飛行時間質量分析器最大的特點是檢測離子的質量范圍較大，適用于大分子化合物的分析。
為了將質量分析器的優勢最大化，可以把不同的質量分析器按一定順序結合來實現儀器的通用性，在同一臺質譜儀器上實現多種功能，如四極桿飛行時間質量分析器、離子阱-飛行時間質量分析器、離子阱-傅里葉變換離子回旋共振質量分析器等。質量分析器的聯用可以分析由第一級質量分析器篩選出的離子碎裂后的碎片譜圖。從篩選出的離子獲得的碎片具有時間依賴性，可以在其后的質量分析器觀察到。同時這些儀器允許碎裂的離子繼續進行下一級的碎裂，形成多級碎片（MSn），并且被檢測到。