（一）吸人性呼吸道感染 食管反流物被呼入氣道時可引起支氣管和肺部感染，尤其在熟睡時更易發生。約1/3患者可出現夜間陣發性嗆咳或反復呼吸道感染。
（二）食管本身的并發癥 本病可繼發食管炎、食管粘膜糜爛、潰瘍和出血、壓出型憩室、食管-氣管瘺、自發性食管破裂和食管癌等。本病食管癌的并發率為0.3%～20%。綜合1908～1975年間文獻報告的5235例食管賁門失弛緩癥，并發食管癌者173例，平均發生率為3.3%，顯著高于一般人群，應予重視。
