1.聲強
為了在液體介質中產生空化效應（這是殺菌的主動力），聲強的必要條件是大于具體情況下的空化閾值。據研究，殺菌所用的聲強最低也要大于1W/cm2。聲強增大，聲空化效應增強，殺菌效果增強，但也使聲散射衰減增大；同時，聲強增大所引起的非線性附加聲衰減亦隨之增大，因而為取得同樣的殺菌效果所付出的功率消耗增加。為獲得滿意的超聲殺菌效果，一般情況殺菌聲強宜于取在1－61W/cm2的范圍內。
2．頻率
頻率越高，越容易獲得較大的聲壓和聲強。另一方面，隨著超聲波在液體中傳播，液體中微小核泡被激活，有振蕩、生長、收縮及崩潰等一系列動力學過程所表現的超聲空化效應也越強，從而超聲波對微生物細胞繁殖能力的破壞性也就越明顯，宏觀上表現出來的微生物滅菌效果就越好，但頻率升高，聲波的傳播衰減將增大。因此，一般說來，為了獲得同樣的殺菌效果，對于高頻聲波則需要付出較大的能力消耗。用于超聲殺菌的超聲頻率多選擇早20－50kHz。
3．殺菌時間
殺菌效果與殺菌時間大致成正比增加，但進一步增加殺菌時間，殺菌效果并沒有明顯增加，而趨于一個飽和值。對其它的聲化學反應也如此。因此一般的殺菌時間都定在10min內。另外隨著殺菌時間的增加，介質的溫升會加大，這對于某些熱敏性的食品殺菌是不利的。
4．超聲波形的影響
超聲殺菌可取連續波和脈沖波兩種波形。連續波工作時，聲能在整個殺菌過程中不斷連續作用。而脈沖是間斷作用的，可防止介質的顯著熱效應，這對與熱敏性食品的殺菌是有利的。當使用脈沖超聲波時，為了建立穩定的混響場，以期獲得高的殺菌效率，應使脈沖寬度有足夠的寬余（一般取10ms左右）；這種情況下所獲得的殺菌效率等效于連續波輻射。