枯草芽胞桿菌孢子表面展示技術獲得越來越多應用的同時，還有很多新的應用等待人們去開發，許多問題等待解決。通過車載式孢子捕捉器采集的該種孢子可用于表面展示的孢子衣殼蛋白很少，新的載體蛋白還有待去尋找;展示在孢子上的酶活性普遍較低，如何提高酶的活性成為研究的重點。迄今為止，尚無關于成功展示多酶復合體的報道，有待后續研究者繼續努力。
針對孢子表面展示系統存在的問題，車載式孢子捕捉器采集進行了一系列探索。為提高展示在孢子表面酶的活性，進行了如下探究:
①在孢子表面展示多酶復合體。多酶復合體是多種酶靠非共價鍵相互嵌合形成的一個大分子結構。化學反應需要這些酶之間通過協同作用完成，反應體系中前一反應的產物為后一反應的底物，反應依次進行，最終把底物轉化為產物，單是一種酶無法完成催化反應。把組成多酶復合體的酶一起展示在車載式孢子捕捉器捕捉的孢子表面，從而形成具有類似多酶復合體的結構，為解決多酶復合體的表達提供了一種新的思路。
②調整外源蛋白和載體蛋白之間連接的接頭蛋白的長度，找到最易于外源蛋白結合的接頭蛋白。
最近幾年有許多把酶展示在孢子表面，從而對酶進行固定化的報道。對于一些化工酶，如何在催化反應后進行回收再利用成為一個難題，而把酶固定在車載式孢子捕捉器自動收集的孢子表面后，不僅可以增加酶的穩定性，還可以通過離心回收孢子而對酶進行回收再利用。