有人認為，種植轉基因作物違背了大自然的規律，會破壞生態環境，認為轉基因作物將會誕生無法處理的“超級雜草”和“超級害蟲”。但事實上，任何使用單一農藥等手段進行抗蟲抗草處理都會引發抗性的誕生，與轉基因技術并沒有太大關聯。轉基因農業作物在種植時已經針對相應擔憂采取了措施，包括建立生物庇護所，多性狀基因策略，加強蟲害監測等手段來避免相關問題的出現。
另外所謂的“超級雜草”名不副實，只需要轉換其他類型的除草劑（如2，4-D等）就可以輕易殺死。而“超級害蟲”的推論至今都沒有科學證據可以證實。最后，所有經過批準的轉基因農業作物上市前均要通過嚴格的安全監測，這其中就包括了生態環境安全相關檢測。
環保部南京環境科學研究所研究員劉標表示，轉基因耐除草劑作物本身不會成為無法控制的雜草，種植轉基因耐除草劑作物也不會使別的植物變成無法控制的雜草。其實，“超級雜草”只是一個形象化的比喻，目前并沒有證據證明“超級雜草”的存在。