使用DNA重組生物技術，把天然的或人工合成的遺傳物質定向插入細菌、酵母菌或哺乳動物細胞中，使之充分表達，經純化后而制得的疫苗。應用基因工程技術能制出不含感染性物質的亞單位疫苗、穩定的減毒疫苗及能預防多種疾病的多價疫苗。
目前已經商業化使用的部分基因工程疫苗：
乙肝疫苗、丙肝疫苗、百日咳基因工程疫苗、狂犬病基因工程滅活疫苗、腸道病毒71型基因工程疫苗、產腸毒素大腸桿菌基因工程疫苗、輪狀病基因工程疫苗、Asia Ⅰ型口蹄疫病毒(FMDV)的感染表位重組蛋白疫苗、弓形蟲基因工程疫苗、腸出血性大腸桿菌基因工程疫苗等。