美國國家科學院出臺的《轉基因作物對美國農業可持續性的影響》報告，認為總體情況看，與不使用轉基因技術的傳統農業相比，轉基因技術為美國農民創造了巨大的環境收益。
大量權威數據表明，傳統農業會對環境造成嚴重傷害，轉基因技術可以大大減少農業對環境的影響。在第一個轉基因作物商業化種植的10年取得的進展，包括殺蟲劑的使用明顯減少，化石燃料的節省，通過少耕或免耕減少CO2排放，通過除草劑耐受性的應用實施免耕種植來保持水土。
1996—2008年，全球對農藥活性成分的節約累計達到約3.56億千克，相當于節約了8.4%的農藥，這相當于在作物上減少了16.1%的殺蟲劑。這些變化都會對農戶收入、農民健康及農業生態環境改善有正面影響。
具體到轉基因抗蟲水稻，我國科學家通過對轉基因水稻和非轉基因水稻種植農戶的追蹤調查，研究了處于生產性試驗階段大田種植的轉基因水稻品種對農民生產和農民身體健康的影響。結果顯示：轉抗蟲基因水稻品種較相對應的非轉基因水稻品種增產6%～9%，種植轉基因水稻品種可降低80%的農藥施用量。這樣，種植轉基因抗蟲水稻將降低稻農的生產投入，明顯提高農民的收入。同時也因為降低了農藥施用量而有效地改善了自然環境，并降低因為農藥施用過程中對農民健康產生的負面影響。因此，中國的植物生物技術產業的發展，不但會提高中國在該領域的國際競爭力，也能明顯提高國內農民收入，保護農民健康，降低農藥污染，改善農業生態環境。
公眾質疑轉基因作物的一個焦點是其對生態環境的安全性，主要包括對非靶標生物的影響、轉基因作物外源基因飄移、對生物多樣性的影響、轉基因作物雜草性、靶標害蟲的抗性進化等。我國對轉基因作物的生態風險評價及管理非常重視，制定了一系列的轉基因作物安全評價程序、方法和管理措施，如《農業轉基因生物安全管理條例》、《農業轉基因生物安全評價管理辦法》、《轉基因植物安全評價指南》等。我國科學家也對轉基因抗蟲水稻的環境風險做了相當充分的研究。大量研究結果說明：①現有轉抗蟲基因水稻所表達的Bt殺蟲蛋白專一性很強，對非靶標生物沒有毒性影響。②轉基因Bt水稻與非轉基因對照水稻相比，在有性生殖特性和生殖率、花粉傳播方式和傳播能力、有性可交配種類和異交結實率、花粉離體生存與傳播能力、落粒性和落粒率、休眠性和越冬能力、生態適應性和生物量等性狀上，均未發現明顯的差異，在雜草性和入侵性方面也未發現差異。③轉基因水稻基因漂移的基本規律與常規品種是一致的，而且沒有發現轉基因抗蟲水稻外源基因漂移對農田生態和自然環境安全有不良影響。④田間試驗結果顯示，轉基因水稻對非靶標害蟲、稻田天敵、益蟲、經濟昆蟲等主要昆蟲種群結構和功能以及節肢動物多樣性沒有不良影響。⑤根據Bt棉花的利用經驗，通過采取一定的措施，水稻螟蟲對Bt蛋白的抗性發展是可以控制和治理的。