軟骨發育不全為常染色體顯性遺傳性疾病,有很大一部分病例為死胎或在新生兒期即死亡,多數患者的父母為正常發育,提示可能是自發性基因突變的結果。分子遺傳學研究發現,系編碼成纖維細胞生長因子受體的基因發生了點突變,位置在第4對染色體的短臂上。