輸卵管囊腫的形成是由于輸卵管受病原體感染以后，由于體內白細胞的浸潤形成內膜腫脹、間質水腫、滲出，導致輸卵管粘膜上皮脫落，如果輸卵管急性期炎癥沒有到醫院及時的治療就容易形成輸卵管積膿。輸卵管的積膿伴隨著炎癥消退之后，膿液也逐漸被吸收，腔內積液由膿性變為漿液性，這就成為輸卵管囊腫。
單單的輸卵管積膿在炎癥消退之后會為輸卵管囊腫或疤痕性輸卵管炎，前者是慢性輸卵管炎的并發癥，表現為傘端閉塞和輸卵管囊狀擴張。管壁變很薄呈半透明，囊腫內部是清澈透明的漿液。因為輸卵管擴張的部位和未擴張的部位的管腔是可以相通，所以病人常有陰道排液。