1、按病因分類
可分為：①先天性畸形，由基因異常和(或)發育中的環境因素所致。
②創傷，由急性暴力引起(如骨折、脫位與軟組織損傷)或慢性勞損引起（如慢性腰肌勞損）。
③感染，如化膿性骨髓炎、關節炎、骨關節結核等。
④非特異性炎癥，如類風濕性關節炎等。
⑤代謝性疾患，如骨軟化癥、痛風等。
⑥內分泌疾病，如甲狀旁腺功能亢進引起的囊性骨炎、絕經期骨質疏松癥等。
⑦退行性變，如骨性關節病。
⑧腫瘤，以骨、軟骨、滑膜腫瘤較多見，而肌肉韌帶腫瘤較少見。
⑨神經系統疾病引起的運動系統疾病，脊髓灰質炎大腦癱后遺的肢體畸形及功能障礙。
2、按病變部位分類
分為骨骼疾病、關節疾病、肌肉（包括肌腱及其他軟組織）疾病等。