同位素質譜相對來說作為一個質譜與其他的GC-MS，LC-MS有很大的不同，專注于測定C,H,O,N,S元素轉化成的簡單氣體(包括 N2,CO2，H2，CO，SO2等)的同位素離子。其質量數最大也不超過70。所以同位素質譜指標不在于質量數和分辨率，而在于測試精度，線性范圍，靈敏度等重要的參數。
第一為：靈敏度，靈敏度一般說成儀器的最低檢測限，就是儀器檢測的最少樣品量，如幾個CO2分子可轉變為一個CO2離子，檢測器有響應的信號，正常這個值越小越好。
第二為：精度，像參考氣體的精度，就是連續的進幾次參考氣，看其精度為多少，一般這個都沒問題。更為關鍵的是不同儀器聯用時候的精度，比如元素分析儀聯接同位素質譜的精度，GC聯同位素質譜的精度。作為一個聯用儀器，每一個部分都很重要，因為最終是反映的是一個整體的性能。測試精度其實就是通常我們說的重現性，只是同位素質譜需要反映微小的差異，在這里就說成精度了。
第三，線性，通常說的就是樣品在多大的質量范圍內的同位素是一個相對穩定的值，線性范圍大，其操作會更加方便，在GC-IRMS中顯得更為重要，因為更難計算。
第四、其他，如同時分析離子種類越多越好。
還需要注意的是，每一個儀器部分，在樣品準備，進樣過程等方面是否可以做到更好，無污染，更簡便等。
總結下，質譜關注靈敏度，精度，線性范圍，還有外設的穩定性。
選擇儀器有以下幾個方面：一、價格;二、儀器技術先進性;三、應用服務能力;四：儀器皮實耐用性;五、市場占有率;六、運行成本等。