選擇基因(又稱選擇標記基因),主要是一類編碼可使抗生素或除草劑失活的蛋白酶基因,這種基因在執行其選擇功能時,通常存在檢測慢(蛋白酶作用需要時間)、依賴外界篩選壓力(如抗生素、除草劑)等缺陷。而報告基因則是指其編碼產物能夠被快速測定、且不依賴于外界壓力的一類基因。