ultra液相色譜柱通常分為正相柱和反相柱。正相柱大多以硅膠為柱，或是在硅膠表面鍵合-CN,-NH3等官能團的鍵合相硅膠柱；反相柱填料主要以硅膠為基質，正確地選擇它，可以給我們帶來很大的便利。
選擇的方法和條件：
①填料基質
a.硅膠基質：純度高本錢低，強度大，化學修飾輕易，但pH值范圍有限。大多硅膠基質填料在pH2-8之間穩定，但經過特殊修飾的硅膠鍵合相可以穩定在pH1.5-10。
b.聚合物基質：應用pH值范圍寬，溫度穩定(高溫可以達到80度以上)，機械強度小。
②顆粒外形
大多現代HPLC填料都是球形顆粒，但有時是不規則的顆粒。球形顆粒提供較低的柱壓、較高的柱效和穩定性以及較長的ultra液相色譜柱壽命在使用高粘度的活動相時;不規則顆粒有較大比表面積和相對低廉的價格。
③顆粒粒徑
粒徑越小柱效越高、分離度越高，但同時會導致較高柱壓降。選擇1.5-3μm的填料以解決一些復雜樣品,UPLC可以使用1.5μm的填料;另外10μm或更大粒徑的填料用作半制備或制備柱。
④含碳量
含碳量指的是硅膠表面鍵合相的比例，與比表面積和鍵合覆蓋度等有關。高含碳量進步柱容量、分辨率及分析時間，用于要求高分離度的復雜樣品;低含碳量分析時間短、展現不同的選擇性，用于快速分析簡單樣品及需要高含水活動相條件的樣品。一般C18的含碳量在7-19%不等。
⑤孔徑和比表面積
HPLC吸附介質是多孔的顆粒，盡大多數的反應表面于孔內。因此，分子必須進進孔內才能被吸附和分離。
孔徑和比表面積是相輔相成的兩個概念。孔徑小比表面積大，反之亦然。比表面積大，增加樣品與鍵合相之間的反應，增加保存,上樣量和復雜成分的分離度;比表面積小，平衡時間快，適合梯度分析。
⑥孔容和機械強度
ultra液相色譜柱孔容，又稱“孔體積”。指單位顆粒的空隙體積大小。它能很好的反應填料的機械強度。孔體積大的填料相對孔體積小的填料機械強度要略弱。孔體積為1.5mL/g或更小的填料大多用于HPLC分離，而孔體積大于1.5mL/g的填料使用于尺寸排阻色譜和低壓色譜。