透射電子顯微鏡在實際生產中應用比較廣泛。透射電子顯微鏡在材料科學、生物學上應用較多。由于電子易散射或被物體吸收,故穿透力低,樣品的密度、厚度等都會影響到最后的成像質量,必須制備更薄的超薄切片,通常為50~100nm。所以用透射電子顯微鏡觀察時的樣品需進行加工。