電鏡鏡筒內的電子束通道對真空度要求很高，電鏡工作必須保持在10-3～10Pa以上的真空度（高性能的電鏡對真空度的要求更達10Pa以上），因為鏡筒中的殘留氣體分子如果與高速電子碰撞，就會產生電離放電和散射電子，從而引起電子束不穩定，增加像差，污染樣品，并且殘留氣體將加速高熱燈絲的氧化，縮短燈絲壽命。獲得高真空是由各種真空泵來共同配合抽取的。
