透明質酸的水解過程：首先透明質酸酶（hyaluronidase）為一種內切酶，能水解透明質酸、硫酸軟骨素A和C中的β-N-乙酰氨基已糖糖苷鍵，產生主要為四糖或六糖的寡糖。隨后再由β-葡萄糖醛酸酶及β-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶等外切酶進一步水解，成為單糖及其衍生物。
大多數糖胺多糖都含有硫酸基團。溶酶體中也存在多種硫酸酯酶，醫學教|育網搜集整理能水解各種硫酸酯鍵。有些糖苷酶有很強的底物特異性、不能水解帶硫酸基的寡糖鏈，因此，硫酸酯酶的先天性缺乏會引起糖胺多糖分解障礙，導致粘多糖癥（mucoplysaccharidoses）。