邏輯分析儀通過探頭與被測器件連接，探頭起著信號接口的作用，在保持信號完整性中占有重要位置。邏輯分析儀與數字示波器不同，雖然相對上下限值的幅度變化并不重要，但幅度失真一定會轉換成定時誤差。邏輯分析儀具有幾十至幾百通道的 探頭其頻率響應從幾十至幾百MHz,保證各路探頭的相對延時最小和保持幅度的失真較低。這是表征邏輯分析儀探頭性能的關鍵參數。Agilent公司的無源探頭和Tektronix公司的有源探頭最具代表性，屬于邏輯分析儀的高檔探頭。
邏輯分析儀的強項在于能洞察許多信道中信號的定時關系。可惜的是，如果各個通道之間略有差別便會產生通道的定時偏差，在某些型號的 邏輯分析儀里，這種偏差能減小到最小，但是仍有殘留值存在。通用邏輯分析儀，如Tektronix公司的TLA600型或Agilent公司的HP16600型，在所有通道中的時間偏差約為1ns。因而探頭非常重要，詳見本站“測試附件及連接探頭”。