稻屬是從事植物比較、進化和功能基因組學研究的理想系統。野生稻蘊含著寶貴的基因資源。為了更好地利用稻屬的野生資源,美國亞利桑那大學的Rod Wing教授在2009年發起了國際稻屬基因組計劃(I-OMAP),旨在構建稻屬所有物種的全基因組序列圖譜,并在此基礎上開展比較、進化和功能基因組學研究。
在I-OMAP計劃的框架下,中國科學院遺傳與發育生物學研究所陳明生課題組通過與深圳華大基因、亞利桑那大學等合作,利用第二代測序技術完成了261 Mb高質量的短花藥野生稻(O. brachyantha)全基因組序列,并開展了稻屬比較基因組學和基因組進化的研究。研究揭示了稻屬基因組在基因組大小、基因移動和異染色質進化等方面新的分子機制。
該研究于3月12日在線發表于Nature Communications。陳金鋒博士為該論文的第一作者。參與該研究的合作者包括深圳華大基因、亞利桑那大學基因組研究所(Rod Wing教授等)、喬治亞大學(Scott Jackson教授和Dongying Gao博士)、University of Wisconsin-Madison(Jiming Jiang教授和Wenli Zhang博士)、南開大學(宋文芹教授和陳成彬博士)和中科院遺傳發育所基因組分析平臺(梁承志研究員)等。
該研究得到了國家自然科學基金委重大國際合作研究項目和植物基因組學國家重點實驗室自主研究課題的資助。
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