自從19世紀中期，奧地利學者孟德爾首創了將形態學性狀作為遺傳標記的應用先例以來，遺傳標記得到發展和豐富。形態學標記、細胞學標記、生化標記、免疫學標記等一直被廣泛應用，然而這些標記都無法直接反映遺傳物質的特征，僅是遺傳物質的間接反映，且易受環境的影響，因此具有很大的局限性。DNA作為遺傳物質的載體，是研究動物遺傳特性的一個重要指標。20世紀80年代以來，隨著分子生物學技術和分子遺傳學的迅速發展，分子克隆及DNA重組技術的日趨完善，研究者對基因結構和功能研究的進一步深入，在分子水平上尋找DNA的多態性，以此為標記進行各種遺傳分析。DNA分子標記直接反映DNA水平上的遺傳變異，能穩定遺傳，信息量大，可靠性高，消除了環境影響。DNA水平的遺傳標記自產生以來得到廣泛應用。