隨著測序技術的不斷進步，兩大測序儀廠家的激烈競爭，測序的價格逐步降低，高深度WGS已經從科研逐漸走向臨床。相比WES，WGS在多個方面具有優勢，本公眾號之前已經介紹過，下面簡單總結一下。- 對于比較長的indel，WES可能捕獲不到，WGS無需捕獲；
- WGS對于編碼區的覆蓋度更好，特別是高GC含量區域；
- 可以分析線粒體突變，部分特殊設計WES也包括線粒體；
上海尋因生物特別推出GeneRanger-WGS無代碼可視化分析軟件，可基于高深度WGS全面分析SNV、Indel、CNV、SV、LOH、mtDNA、STR、SMA。
在SNV與Indel分析方面，加入Ranking分析流程，Ranking可根據生信和表型匹配程度自動排序，根據我們內部測試100個陽性病例，95%的致病基因都排在TOP3以內，界面如下圖
需要說明的是Ranking不僅支持從原始注釋表格排序還支持手動篩選后的自動排序。對于CNV/SV分析，為了減少假陽性變異帶來的困擾，本軟件分析結果有以下優勢：
- 結合測序深度、截斷reads和配對不一致reads三種特性綜合分析；
- 每個變異注釋上基因區域，便于排除內含子和基因間變異；
- 每個變異注釋OMIM基因和疾病，快速排除無關變異；
對于mtDNA分析，該分析整合了mitomap已知突變數據庫、clinvar及Mitlmpact及千人基因組人群頻率數據庫。對于STR動態突變分析，支持常見動態突變疾病已知位點的分析，常見疾病如小腦共濟失調、強制性肌營養不良、脆性X、漸凍人等，特別指出該分析需要PCR-free WGS。對于LOH（loss of heterozygote）分析，游俠精選了90萬SNP位點，這些位點在中國人群頻率介于5%和95%之間，該分析類似于基于芯片B allele frequence分析，可驗證大片段缺失與重復，可作為UPD分析候選區域及尋找近親婚配純合子區，除了圖之外輸出結果還包括染色體具體位置的excel表格。下圖顯示1-3號染色體LOH信號。
SMA分析即脊肌萎縮證特殊分析，可基于高深度WGS分析SMN1和SMN2絕對拷貝數。可增加自定義數據庫注釋、流程跑完后可智能選擇待分析文件、可建立本地對照過濾位點、支持sentieon加速分析（需單獨購買sentieon軟件授權）、與本公司開發的報告系統無縫銜接。為了應對高深度WGS非常耗費計算資源和存儲資源的痛點，上海尋因生物同時推出多線程大容量計算機硬件，線程高達64，存儲容量更是達到88T，3個小時內完成30X WGS從fq到注釋表格，歡迎感興趣的讀者測試與垂詢，聯系電話13761757010.A：支持WES和Panel的SNV與Indel分析，不支持CNV分析，如果對WES CNV感興趣可選擇我公司WES-CNV產品。
