酵母質粒載體是基因表達載體的一種,既可以在大腸桿菌中、又可以在酵母系統中進行復制與擴增,所以也稱為穿梭載體。它分為整合載體和自我復制載體兩類。①整合載體：它帶有一個酵母URA3標志基因和大腸桿菌的復制和報告基因。由于質粒DNA與酵母基因組DNA之間發生了同源重組,在轉化的細胞中可以檢測到質粒的整合復制。整合載體中的YIp載體(yeast integrating plasmid)的轉化效率低,而且不穩定；②自我復制載體：該類載體在酵母中可以自我復制,主要有YRp(yeast replication plasmid)、YEp(yeast extrachromosomal plasmid)和YCp(yeast centromere plasmid)。YRp在遺傳學方面極不穩定；YEp可以很快與酵母內源質粒重組,重組后YEp載體很快復制并擴增。YCp質粒的遺傳特性是拷貝數少且遺傳性穩定；③釀酒酵母載體系統：釀酒酵母在基因工程技術操作中,作為克隆宿主或作為調節表達序列(如RNA聚合酶識別位點及核糖體識別位點)的克隆載體,其應用廣泛。在酵母細胞核中某些自我復制型質粒(如大腸桿菌質粒)也能獲得高拷貝。如在酵母中最大限度的表達基因,需要特異的啟動子,如乙醇脫氫酶、同工酶一1、磷酸甘油激酶、酸性磷酸酶和α因子等基因的啟動子等。通過DNA重組技術,還可以利用釀酒酵母生產外源蛋白。乙型肝炎疫苗就是利用酵母為宿主得到的第一種醫用蛋白,另外組織型血纖維蛋白溶源激活因子、胰島素和水蛭素等蛋白質產品也是利用酵母為宿主細胞生產的。
在實驗方案設計中由于釀酒酵母不能對真核內含子進行識別和處理,因而外源基因須使用cDNA,產物蛋白是在胞內表達還是向外分泌也是十分重要的,因為這關系到基因工程下游工程的工藝設計。采用釀酒酵母表達系統還要注意選擇適當的啟動子和終止子；考查表達盒的穩定性；針對外源蛋白質積累部位的不同,采取相應的處理步驟；還要注意提高產量。