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  • 發布時間:2019-04-11 17:17 原文鏈接: 酵母遺傳學方法實驗指南——技術和方案3

    技術和方案3 酵母 DNA 分離

    實驗材料

    質粒DNA玻璃珠

    試劑、試劑盒

    YPD消解酶 100TTris-HClSDS乙酸鉀TE 緩沖液RNaseA 溶液山梨醇無水異丙醇裂解緩沖液

    儀器、耗材

    三角瓶離心管

    實驗步驟

    一、酵母 DNA 微量制備(40 ml)

    1.在 125 ml 三角瓶中用 40 mlYPD 培養液在 30°C 條件下培養細胞達最大生長量(過夜)。

    2.將上述培養物移入螺蓋離心管,用醫用離心機或 SarvallSS-34 轉頭以 5000r/mm 離心 5 min,棄去上清液。

    3.將細胞懸浮在 3 ml 的 0.9mol/L 山梨醇-0.lmol/LNa2EDTA(pH7.5) 溶液中。

    4.加 0.lml 的 2.5 mg/ml 消解酶 100T,置 37°C 保溫 lh。

    5.用醫用離心機或 SorvallSS-34 轉頭以 5000r/min 離心 5 min,棄去上清液。

    6.將細胞重懸于 5 ml 的 50 mmol/LTris-HC1(pH7.4)-20 mmol/LNa2EDTA 溶液中。

    7.加 0.5 ml 的 10% SDS,混勻。

    8.置 65°C 保溫 30 min。

    9.加 1.5 ml 的 5mol/L 乙酸鉀溶液,在冰浴中放置 lh。

    10.用 SorvallSS~34 轉頭以 10000r/min 離心 lOmin。

    11.將上清液轉移至干凈的塑料離心管中,室溫下加入兩倍體積的 95% 乙醇,混勻,以 5000?6000r/min 室溫離心 15 min。

    12.棄上清液,將沉淀物干燥,然后懸浮在 3 mlTE 緩沖液(PH7.4) 中,此操作可能需要幾個小時。

    13.用 SorvallSS-34 轉頭以 10000r/mm 離心 15 min,將上清液轉移到一個新試管,棄沉淀物。

    14.加入 150jul 的 lmg/irilRNaseA 溶液,在 37°C 下保溫 30 mino

    15.加入一倍體積的 100% 異丙醇,輕輕混勻。取出呈松散纖維狀的沉淀物,無需離心,讓其自然干燥。

    16.將沉淀物懸浮在 0.5 mlTE 緩沖液(pH7.4) 中,置 4°C 保存。酵母 DNA 的終濃度大約在 ZOOjug/ml。如果最后的溶液不澄清,用異丙醇再次沉淀 DNA 或用 SorvallSS-34 轉頭以 10000r/min 離心 15 min。

    二、酵母 DNA 微量制備(5 ml)

    1.接種酵母于 5 ml YPD 中,置 30°C 培養過夜。

    2.用醫用離心機以 2000r/min 離心 5 min 沉淀細胞,棄上清液。

    3.將細胞懸浮在0.5 ml 的 lmol/L 山梨醇-0.lmol/LNa2EDTA(pH7.5) 緩沖液中,并轉到一支 1.5 ml 離心管中。

    4.加入 0.02 ml 的 2.5 mg/ml 的消解酶 100T 溶液,置 37°C 保溫 lh。

    5.離心 lmin。

    6.棄上清液,把細胞用 0.5 ml 的 50 mmol/LTrls-Ha(pH7.4)-20 mmol/LNa2EDTA 溶液懸浮。

    7.加 0.05 ml 的 10%SDS,混勻。

    8.置 65°C 保溫混合物 30 min。

    9.加 0.2 ml 的 5mol/L 乙酸鉀,把離心管在冰浴中放置 lh。

    10.離心 5 min 。

    11.將上清液轉移到一潔凈微型離心管,室溫下加入等體積的無水異丙醇,混勻,放置 5 min。短暫離心(10s) 棄上清液,讓沉淀自然干燥。

    12.用 0.3 mlTE 緩沖液(pH7.4) 重新懸浮沉淀。

    13.加 15ul 的 lmg/ml 的 RNaseA 溶液,置 37°C 保溫 30 min(此步可任意選擇)。

    14.加 0.03 ml 的 3mol/L 乙酸鈉,混勻,用 0.2 ml 的無水異丙醇沉淀,再短暫離心收集 DNA。

    15.棄上清液,自然干燥,用 0.1~0.3 ml TE 緩沖液(pH7.4) 重新懸浮 DNA。

    16.在使用限制性內切酶酶解 DNA 之前,有必要將最終溶液離心較長時間(15 min) 以便除去可能抑制酶解的不溶性物質。

    三、10 min 制備酵母 DNA

    大腸桿菌或酵母轉化質粒的制備

    1.在質粒 DNA 選擇性培養基(如 SC-ura) 中,置 30°C 培養少量培養物(至少 1.4 ml) 過夜。

    2.將培養物轉人一支 1.5 ml 的微型離心管,離心 5s,收集細胞。

    3.小心傾去上清液,輕彈離心管,使沉淀重新懸浮于殘余培養液中。

    4.加人 0.2 ml 的 2%TritonX-100,1%SDS,100 mmol/LNaCl,10 mmol/LTris-HCl(pH8),lmmol/LNa2EDTA; 加入 0.2 ml 的苯酚:氯仿:異戊醇(25:24:1); 加人0.3 g 酸洗過的玻璃珠。

    5.振蕩 2 min。

    6.離心 5 min。

    7.用 1~5ul 含 DNA 的水相轉化 0.2 ml 的大腸桿菌受體菌,用 15W 水相轉化酵母菌。

    用于 Southern 分析的基因組 DNA 分離

    1.用 YPD 培養基,置 30°C 培養 10 ml 酵母至最大生長量。

    2.用醫用離心機離心 2 mm,棄上清液,收集細胞,用 0.5 ml 蒸餾水重新懸浮,將細胞轉入 1.5 ml 微型離心管中,離心 5s 收集細胞。

    3.重復第 2) 步。

    4.重復第 2) 步。

    5.加 0.2 mlTE 緩沖液(pH8),振蕩 3~4 min。

    6.離心 5 mm,將水相移至潔凈試管,加 lml 的無水乙醇,上下顛倒,混合均勻。

    7.離心 2 min,棄上清液,懸浮在 0.4 ml TE 緩沖液和 3ul 的 10 mg/ml RNase A 溶液,置 37°C 保溫 5 mm, 加入 10;ul 4 mol/L 乙酸銨和 lml 的無水乙醇,上下顛倒,混合均勻。

    8.離心 2 min,棄上清液,自然干燥后,用 50ul 的 TE 緩沖液懸浮,每份樣品用 lOul 進行 Southern 印跡分析,每份用量 2~4ug DNA。

    四、制備酵母基因組 DNA: 玻璃珠法

    1.用 5 ml 培養基(完全培養基或選擇性培養基)在 30°C 下,搖床培養過夜。

    2.轉移培養物至 13 mmX100 mm 的玻璃離心管中,用臺式離心機以 1500r/min 離心 5 min,收集細胞。

    3.用 3 ml 無菌水洗細胞,同上離心。

    4.用 500ul 裂解緩沖液再次懸浮。

    5.加入干凈的玻璃珠(約 1.5 ml 離心管的 2/3 體積)和 25ul的 5mol/L Naa。

    6.以最高速振蕩 lmin。

    7.以 2000r/min 離心 2 min。

    8.用 P-1000 移液器轉移上清液至 1 支 1.5 ml 離心管。

    9.加入 500ul 苯酰,振蕩,離心 lmin。用 P-1000 移液器吸取水相(上層),轉移至潔凈離心管,加入 500ul SEVAG(氯仿:異戊醇,24:1),同上振蕩,離心,抽提。

    10.加人 lml 預冷的 95% 乙醇,在 -20°C 下沉淀 lh。

    11.以最高轉速離心 5 min 沉淀 DNA,棄上清液,用 70% 乙醇清洗,最后懸浮在 250ul TE 緩沖液中。

    12.加的 EDTA-Sark 和 5ul 的蛋白酶 K(10 mg/ml),至 37°C 保溫 30 min。

    13.加 250ul 5mol/L 乙酸銨,重復 9)、10) 步驟。

    14.收集 DNA,用 70% 乙醇洗,懸浮于 100ul 的 TE 緩沖液(每個酶解反應使用約 10ul)。

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