酶的催化作用是通過其與底物形成復合物(即中間產物)降低反應能閾來實現的。酶是一個大分子蛋白質，而底物往往是小分子化合物，現已證實，酶分子表面不是任何部位都能與底物相結合的。只有稱為酶的活性部位才能與底物結合并進行催化作用。
酶的活性部位:有些必需基團雖然在一級結構上可能相距很遠，但在形成空間結構時彼此靠近，集中在一起，形成具有一定空間結構的區域，并能與底物特異地結合，將底物轉化為產物。這一區域，稱為酶的活性部位(Active site)。對于綴合酶來說，輔因子上某一部分的結構，往往是活性部位的組成成分。