酶切的基本步驟

1) 成功酶切的關鍵是準備好模板DNA。DNA樣品中不能含有有機溶劑(會使酶變性或產生星號貨性)，不能含有干擾酶活性的污染物質，不能含有高濃度的EDTA (TE中的EDTA濃度較低，對Mg的濃度影響較小);同時要對DNA甲基化程度及其對酶切效率的影響要做到心中有數。
2) 選用合適的酶。根據酶切序列選用，特別注意選用甲基化對酶活性的干擾。
3) 正確使用和保存酶。酶需要保存在-20度的低溫環境中，只是在需要用酶才從冰箱中取出來。運輸和臨時存放時需要將酶至于冰上。手拿酶管時不要接觸酶管下步含酶的部分，移酶時盡可能用長TIP, 避免污染。用完后需要及時送回原處。注意：酶通常是最后加。所有
4) 反應體積需要根據實驗目的定，常規的酶切一般要維持在10-50ul，酶切鑒定 10-20ul就可以了。
5) 模板濃度問題：濃度過高，溶液黏度過大，酶不能有效擴散，酶切效果不會好。濃度過低，也會影響酶活性。