實驗方法原理 采用粘末端連接必須對目的DNA分子和載體分子進行酶切以獲得相應的粘末端進行連接。酶切可以是單酶切也可以是雙酶切。單酶切操作比較簡單，但雙酶切如果兩種酶所用緩沖液成分不同（主要是鹽離子濃度不同）或反應溫度不同，這時可以采用如下措施解決：1）先用一種酶切，然后乙醇沉淀回收DNA分子后再用另外一種酶切；2）先進行低鹽要求的酶酶切，然后添加鹽離子濃度到高鹽的酶反應要求，加入第二種酶進行酶切；3）使用通用緩沖液進行雙酶切。具體要根據酶的反應要求進行，盡量避免星號活力。
實驗材料 質粒DNA
試劑、試劑盒 限制性核酸內切酶蒸餾水
儀器、耗材 微量移液槍離心機電泳儀水浴鍋紫外透射觀測儀離心管記號筆
實驗步驟
一、實驗材料準備
1. 材料：質粒DNA。
2. 試劑：限制性內切酶、ddH2O。
3 . 儀器：微量移液槍，離心機，水浴鍋， 電泳儀，紫外透射觀測儀。
二、單酶切
1. 在1.5 mL滅菌離心管中依次加入：
（1）質粒DNA：X μL（約1 μg）。
（2）限制性內切酶：1 μL（約10 U）。
（3）10×buffer：2 μL。
（4）ddH2O：補足20 μL。
2. 混勻，做好標記。
3. 37℃水浴1-3 h。
4. 70℃水浴10 min中止反應。
5. 電泳檢測酶切效果。
三、雙酶切
1. 在1.5 mL滅菌離心管中依次加入：
（1）質粒DNA：X μL（約1 μg）。
（2）限制性內切酶1：1 μL（約10 U）。
（3）限制性內切酶2：1 μL（約10 U）
（3）10×buffer：1或2 μL。
（4）ddH2O：補足20 μL。
2. 混勻，做好標記。
3. 37℃水浴1-3 h。
4. 70℃水浴10 min中止反應。
5. 電泳檢測酶切效果。
四、結果與分析
假若一種酶在環狀質粒DNA中只有一個酶切位點， 且酶切徹底，紫外燈下檢測電泳結果，則單酶切應為一條帶，
而雙酶切則為兩條帶。如果條帶數目多于理論值，那么有可能是酶切不完全。如果酶切結果與酶切前的質粒條帶一樣（超螺旋、線性和開環三條帶），則說明質粒完全沒有被切開。
注意事項
1.
酶切的選擇原則一般是盡量擴大酶切體系，這樣抑制因素得以稀釋；基因組DNA或質粒DNA酶的用量較一般DNA大，一般為1μg/10U；所加酶的體積不能超過酶切總體積的1/10，否則甘油濃度會超過5%，會產生星號活力；對難切的質粒或基因組DNA應延長反應時間4―5hr，
甚至過夜。滅活限制性內切酶活性可以采用加熱滅活，乙醇沉淀，酚/氯仿抽提，添加EDTA或SDS等方法，具體每一種酶可能有些方法不能完全滅活，這一點需要注意。
2. 雙酶切體系緩沖液添加量要根據兩種限制性內切酶最佳緩沖體系，可以登錄限制性內切酶購買公司官方查看。