在酶反應器工作過程中，如果操作和維護不當會導致反應器催化能力的迅速下降。許多因素都影響酶反應器的穩定性。如溫度過高、pH值過高或過低、離子強度過大均會造成酶變性失活；微生物及酶會對固定化酶造成破壞；氧化劑存在會導致酶氧化分解；重金屬等有毒物質會對酶活性產生不可逆抑制；剪切力會對酶結構造成破壞；載體磨損會造成酶的損失等。因此，在酶反應器使用和維護過程中，必須采取有針對性的措施進行有效控制。
