基因制取
在生物體內找到了某種有用的酶，即使含量再低，應用基因重組技術，通過基因擴增與增強表達，就可能建立高效表達特定酶制劑的基因工程菌或基因工程細胞了。把基因工程菌或基因工程細胞固定起來，就可構建成新一代的生物催化劑——固定化工程菌或固定化工程細胞了。人們也把這種新型的生物催化劑稱為基因工程酶制劑。
新一代基因工程酶制劑的開發研制，無疑是使酶工程如虎添翼。固定化基因工程菌、基因工程細胞技術將使酶的威力發揮得更出色，科學家們預言，如果把相關的技術與連續生物反應器巧妙結合起來，將導致整個發酵工業和化學合成工業的根本性變革。
對酶進行改造和修飾也是酶工程的一項重要內容。
酶的作用力雖然很強，尤其是被固定起來之后，力量就更大了，但并不是所有的酶制劑都適合固定化的，即使是用于固定化的天然酶，其活性也往往不能滿足人們的要求，需要改變其某些性質、提高其活性，以便更好地發揮其催化功能。
于是，酶分子修飾和改造的任務就被提出來了。
一般來說，科學家們是通過對酶蛋白分子的主鏈進行“切割”、“剪切”以及在側鏈上進行化學修飾來達到改造酶分子的目的的。被修飾、改造的酶分子，無論是物化性質，還是生物活性都得到了改善，甚至被賦予了新的功能。
人工設計和合成具有生物活性的非天然大分子物質，是科學家們共同努力的目標。