目前，酶抑制劑主要來源于植物、微生物和化學合成。微生物產生酶抑制劑是來源于微生物的初級代謝產物和次級代謝產物，研究最多的是放線菌，也是產生微生物藥物最多的類群，其中最重要的是鏈霉菌屬（streptomyces）；細菌、真菌也是酶抑制劑的重要藥源微生物。除了傳統的藥源菌篩選分離外，研究人員的注意力更集中到了各種新的微生物類群中，如海洋微生物、極端微生物。自然界植物種類豐富，但僅有不到10%被測定過某種生物活性，從植物中篩選酶抑制劑存在巨大的潛力，在未來相當長時間內仍是酶抑制劑新藥的主要來源。
植物源酶抑制劑篩選的難點就在于植物粗提物中“假陽性”結果太多，干擾真正有效成分的篩選，目前，國外對此采取了一系列措施，篩選前先通過純化，采用提取物通過HPLC或固相萃取后結合質譜作出化合物指紋圖譜庫，與已有的經驗數據庫進行比較，有新成分的粗提物再進一步進行藥理活性篩選,再者，他們還可以先將粗提物通過HPLC來鑒別出是否存在吸收光譜有特征的化合物，這樣可以減少篩選的盲目性。
新藥篩選的化合物庫中有70%左右為有機化學產物，因此，合成藥是新藥的主要來源，將高通量篩選技術與組合化學和組合生物合成技術的結合，實現了酶抑制劑大規模篩選，是世界許多大制藥公司篩選酶抑制劑新藥的主要渠道。