酶標儀所用的單色光既可通過相干濾光片來獲得，也可用分光光度計相同的單色器來得到。在使用濾光片作濾波裝置時與普通比色計一樣，濾光片即可放在微孔板的前面，也可放在微孔板的后面，其效果是相同的。光源燈發出的光經聚光鏡，光欄后到達反射鏡，經反射鏡作90°反射后垂直通過比色溶液，然后再經濾光片送到光電管。
酶標儀可分為單通道和多通道2種類型，單通道又有自動和手動2種之分。自動型的儀器有X，Y方向的機械驅動機構，可將微孔板L的小孔一個個依次送入光束下面測試，手動型則靠手工移動微孔板來進行測量。
在單通道酶標儀的基礎上又發展了多通道酶標儀，此類酶標儀一般都是自動化型的。它設有多個光束和多個光電檢測器，如12個通道的儀器設有12條光束或12個光，12個檢測器和12個放大器，在X方向的機械驅動裝置的作用下，樣品12個為一排被檢測。多通道酶標儀的檢測速度快，但其結構較復雜價格也較高。