（一）直接法：將酶直接標記在特異性抗體上，與組織細胞內相應的抗原進行特異性反應，形成抗原-抗體-酶復合物，最后用酶底物顯色。直接法的優點在于操作簡便及特異性強，缺點是敏感性低，制備的抗體種類有限。
（二）間接法：將酶標記在第二抗體上，先將第一抗體（特異性抗體）與相應的組織抗原結合，形成抗原抗體復合物，再用第二抗體（酶標記的抗體）與復合物中的特異性抗體結合，形成抗原-抗體-酶標抗體復合物，最后用底物顯色劑顯色。間接法的優點是檢測敏感性高，制備一種酶標二抗可用于檢測多種抗原或抗體。缺點是特異性不如直接法，而且操作較為繁瑣。