在食品加工過程中使用的酶究竟要達到怎樣的純度主要取決于這樣的考慮：一種酶制劑是否含有其他的酶或組分。
一種食品級酶制劑必須符合食品法規，但不要求是純酶，它可以含有其他的雜酶，當然還含有各種非酶的組分。這些雜酶和非酶組分對于食品加工可能會帶來有益的或有害的作用。例如，用于澄清果汁的果膠酶往往是從霉菌粗提取物制備的，除了聚半乳糖醛酸酶外，它還含有幾種別的水解酶，在這種酶反應體系中，其他酶種，特別是果膠酯酶（pectinesterase EC 3.1.1.11）實際上對加工工藝是有益的。
在另外一些情況下，酶制劑中的雜酶或許會有害于加工工藝，例如，在脂酶（lipase EC 3.1.1.3）制劑中含有脂肪氧合酶（lipoxygenase EC 1.13.11.12），即使活力很低，也會造成脂肪氧化和產生不良的風味。但由于經濟上的原因總是盡可能地避免將酶“純化”，因為從微生物和其他來源得到的粗酶提取物中含有許多不同的酶，將它們完全分離是非常困難和代價昂貴的。
在酶純化中采用的分離技術包括：使用高濃度鹽或有機溶劑的選擇性沉淀技術，根據分子大小（凝膠過濾層析）、電荷密度（離子交換層析）和酶對一個特定的化合物或基團的親和力（親和層析）所設計的層析技術以及膜分離技術。并非所有這些技術都適合于在工業化規模上應用。