酶細胞化學反應實際上就是孵育反應的過程,孵育液的成分主要有酶的底物、捕捉劑,保證孵育液pH的緩沖液以及有關的添加劑等。孵育的溫度和時間可根據不同的酶和組織通過實驗而確定。
電鏡酶細胞化學的樣品在孵育反應后需經鋨酸后固定、梯度乙醇脫水、環氧樹脂包埋和超薄切片,至電鏡下觀察。