酶細胞化學的一個重要問題是既要保存好細胞內酶的活性，又要保存好細胞的結構，因此選擇適當的固定劑種類、濃度、固定的方式和時間是細胞化學技術的一個關鍵問題。光鏡樣品固定多選用中性福爾馬林或多聚甲醛,4℃、24小時，常規的石蠟包埋切片可以滿足相當一部分酶的細胞化學要求；
電鏡樣品固定通常用0.5～2%戊二醛或4%多聚甲醛,4℃、2小時，再切成5～100μm的厚片用于細胞化學反應，反應后經常規的鋨酸后固定，脫水、包埋、超薄切片、至電鏡下觀察。冷凍切片能較大限度地保存酶的活性，因此是光、電鏡酶細胞化學技術中常用的方法。