及的具體步驟最終取決于樣品的性質。但也有共同可參考的階段
捕獲階段：目標是澄清、濃縮和穩定目標蛋白。
中度純化階段：目標是除去大多數大量雜質，如其它蛋白、核酸、內毒素和病毒等。
精制階段：除去殘余的痕量雜質和必須去除的雜質。
分離方法的選擇
根據蛋白質的特殊性質采用不同的分離方法：
蛋白質的性質 | 方法 |
電荷（等電點） | 離子交換（IEX） |
分子量 | 凝膠過濾（GF） |
疏水性 | 疏水（HIC）反相（RPC） |
特異性結合 | 親和（AC） |
每一種方法都有分辨率、處理量、速度和回收率之間的平衡。
分辨率：由選擇的方法和層析介質生成窄峰的能力來實現。總的來說，當雜質和目標蛋白性質相似時，在純化的最后階段分辨率是重要因素。
處理量：一般指在純化過程中目標蛋白的上樣量。如上樣體積、濃度等。
速度：在初純化中是重要因素，此時雜質如蛋白酶必須盡快除去。
回收率：隨著純化的進行漸趨重要，因為純化產物的價值在增加。
在三階段純化策略中每一種方法的適用性見下表：
技術 | 主要特點 | 捕獲 | 中度純化 | 精制 | 樣品起始狀態 | 樣品最終狀態 |
IEX | 高分辨率 高容量 高速度 | ★★★ | ★★★ | ★★★ | 低離子強度 樣品體積不限 | 高離子強度或pH改變。 樣品濃縮 |
HIC | 分辨率好 容量好 高速度 | ★★ | ★★★ | ★ | 高離子強度 樣品體積不限 | 低離子強度 樣品濃縮 |
AC | 高分辨率 高容量 高速度 | ★★★ | ★★★ | ★★ | 結合條件特殊 樣品體積不限 | 洗脫條件特殊 樣品濃縮 |
GF | 高分辨率 （使用Supedex） | ★ | ★★★ | 樣品體積（<總柱體積的5%）和流速范圍有限制 | 緩沖液更換（如果需要） 樣品稀釋 | |
RPC | 高分辨率 | ★ | ★★★ | 需要有機溶劑 | 在有機溶劑中，有損失生物活性的風險 |
提示：
1、 通過組和各種方法使純化步驟之間的樣品處理減至最少，以避免需要調節樣品。第一個步驟的產物的洗脫條件應適宜于下一個步驟的起始條件。