所謂純化，也就是MT粗品（60%～90%）、MT精品（≥90%）以及純品（≥95%）的形成過程。由報道的資料看，純化方法大概是一致的，首先是根據MT-1和MT-2所帶電荷不同的性質，進行離子交換將MT-1和MT-2分開，然后將收集MT-1和MT-2的層析液分別進行脫鹽，最后收集凍干、保存。
取勻漿液直接上Sephadex G-50柱（4.5×100cm）進行分離，以0.01mol/LTris-HCl，pH8.6緩沖液洗脫。收集含MT組分層析液，再上預先用0.01mol/L Tris-HCl，pH8.6緩沖液平衡好的DEAE-Sepharose Fast Flow（3×70cm）柱進行離子交換層析，以Tris緩沖液進行直線梯度洗脫（A液：0.01mol/L Tris-HCl，pH8.6；B液：0.25mol/L Tris-HCl，pH8.6）。分別收集含MT-1和MT-2組分，冷凍干燥濃縮成體積15～20mL，再分別上預先用0.01mol/L碳酸銨平衡好的Sephadex G-25柱（1.6×120cm）進行脫鹽。所得MT-1和MT-2冷凍干燥后保存于-20℃冰箱中。
雖然文獻中講到許多分離純化方法，但是多為實驗室研究，真正運用到實際生產的并不多，這主要與實際生產中的各種環境因素的影響有關。在實驗中發現，誘導后家兔肝臟中MT的含量愈高，實際生產中MT的提取率就愈大，相反，MT的提取率就愈低。