金屬蛋白酶有兩個亞組：
外肽酶、金屬外肽酶（EC編號：3.4.17）。
內肽酶、金屬內肽酶(3.4.24)。眾所周知的金屬內肽酶包括ADAM蛋白和基質金屬蛋白酶，以及M16金屬蛋白酶，如胰島素降解酶和前序蛋白酶
在MEROPS數據庫中，肽酶家族按其催化類型分組，xxx個字符代表催化類型：A，天冬氨酸；C、半胱氨酸；G、谷氨酸；M，金屬；S，絲氨酸；T，蘇氨酸；和U，未知。絲氨酸、蘇氨酸和半胱氨酸肽酶利用氨基酸作為親核試劑并形成酰基中間體——這些肽酶也可以很容易地充當轉移酶。在天冬氨酸、谷氨酸和金屬肽酶的情況下，親核試劑是活化的水分子。在許多情況下，結構蛋白折疊家族或家族的特征可能已失去其催化活性，但仍保留其在蛋白質識別和結合方面的功能。